ASSEMBLEIA-GERAL
A Assembleia-Geral é constituída por todos os membros aderentes das Cidades Atlânticas. Define as directrizes da associação e decide, por meio de resoluções, as acções a executar pela organização. Reúne-se anualmente em sessão ordinária para deliberar sobre o relatório de actividades, o relatório financeiro, o montante das quotizações e, se for caso disso, o relatório do auditor de contas.
A Assembleia-Geral reúne em sessão extraordinária convocada pelo Presidente, a pedido unânime da Mesa Executiva ou de dois terços dos membros. Cada membro de pleno direito e cada membro associado tem uma voz e voto. As votações são feitas normalmente por mão levantada e por maioria simples, mas o presidente pode mandar proceder a votação por chamada nominal em caso de dúvida. Cada observador pode participar na Assembleia-Geral, com direito a exprimir o seu ponto de vista mas não a votar.
MESA EXECUTIVA
A Mesa Executiva assume a direcção da associação, zela pela boa execução das resoluções da Assembleia-Geral e garante a coordenação dos trabalhos das Comissões.
A Mesa elege no seu âmbito um Presidente e quatro Vice-Presidentes. Inclui também os Presidentes das Comissões. Na medida do possível, a Presidência e as Vicepresidências devem ser repartidas entre os cinco países implicados nos trabalhos das Cidades Atlânticas
As cidades que, no âmbito das Comissões, coordenam um grupo de trabalho ou são responsável de um tema específico, tem a possibilidade de participar nas reuniões da Mesa Executiva.
COMISSÕES TEMATICAS
As comissões temáticas representam a dimensão técnica das Cidades Atlânticas. Lideradas por uma cidade presidente, as comissões canalizam os projectos europeus, os grupos de trabalho e os documentos de posição .